방법론

데이터 출처

실제로 쓰는 출처만 적습니다. 논문 DOI 인제스트나 FDA/EMA 라이브 API는 없습니다.

• PubChem — 큐레이션된 CID, 화합물 페이지 링크, SMILES가 없을 때 이름 기반 조회
• ChEMBL — 큐레이션된 ChEMBL ID와 링크. 활성 데이터 동기화는 하지 않습니다.
• 문헌 — 공개 요약 수준의 시드 노트와 패밀리 설명. DOI/PMID 필드가 있을 때만 표시하며, 없으면 만들지 않습니다.
• ClinicalTrials.gov — 큐레이션된 검색 쿼리로 시험 목록을 엽니다. 시험 결과를 가져와 저장하지는 않습니다.
• FDA / EMA — 일부 임상 오버레이 행의 큐레이션된 기관 문자열. 라벨 API를 호출하지 않습니다.
• 수동 시드 — 패밀리, 화합물, SMILES, 태그, 관계. 기본 dataProvenance는 seed입니다.

엔티티 유형

노드는 카탈로그 역할과 식별자·태그로 분류합니다. 맞지 않는 유형으로 강제하지 않습니다.

• 실제 화합물 — Verified drug, Known compound, Literature compound; 외부 ID가 있는 payload/linker/ADC
• 추상 표현 — Abstract scaffold, Abstract pharmacophore (태그/이름에 pharmacophore·warhead가 있을 때만)
• 탐색 구조 — Rule-generated SAR analog, Exploratory analog

부모 노드는 문헌 MCS나 공유 코어를 자동으로 의미하지 않습니다. 패밀리 중심은 탐색 스캐폴드로 표시합니다.

구조 표준화

• SMILES는 시드, known-SMILES 맵, PubChem 조회, 또는 부모 상속(inherited)으로 배정됩니다.
• 상속 SMILES는 독립 배정이 아닙니다.
• InChI Key, PubChem CID, ChEMBL ID는 필드가 있을 때만 표시합니다.

지문

• 유형: Morgan fingerprint (RDKit circular fingerprint)
• 반경: 2
• 비트 수: 2048

유사도

• 척도: Tanimoto (공통 비트 / 합집합 비트)
• 주간 메쉬 임계값: 0.45

시드 유사도 엣지, 주간 메쉬, 화합물 추가 시 추정, 패밀리 비교 행렬이 이 설정을 사용합니다. Manual 레이블 엣지만 예외입니다.

구조 유사도는 생물학적 동등성을 예측하지 않습니다.

클러스터링

CNS chemometric 분석에만 적용됩니다. 전 카탈로그 Butina 클러스터는 없습니다.

• 알고리즘: Butina-style sphere exclusion
• 컷오프: 0.55 (Tanimoto)
• Medoid: 클러스터 멤버 평균 유사도가 가장 높은 화합물
• 승인-이웃 밴드: 0.45–0.75

SAR 관계

패밀리 맵의 derived_from은 수동 큐레이션된 부모→자식 경로입니다. 문헌 반응식을 주장하지 않습니다.

similar_to는 지문 계산, related_drug는 카탈로그 계열 연결, conjugated_with는 payload–linker–ADC 접합입니다.

CNS 제안 seed만 아래 고정 규칙으로 SMILES를 치환한 뒤 RDKit 유효성 검사를 합니다. 생성 모델이 아닙니다.

• cl-to-f — Cl→F halogen walk
• f-to-cl — F→Cl halogen walk
• ome-to-oh — OMe→OH demethylation
• oh-to-ome — OH→OMe methylation
• nme-expand — N-H→N-Me (amine methyl)
• aryl-h-to-f — Aryl-H→F (c1ccccc1 walk)

탐색 지표

화면의 High / Medium / Low와 숫자는 Exploration Score입니다. 약물 품질, 효능, 임상 가능성, 투자 가치가 아닙니다.

카탈로그·구조 신호에 기반한 내부 탐색 지표입니다. 효능, 안전성, 효력, 개발 성공을 예측하지 않습니다.

입력 신호

• Core: 패밀리 center, scaffold/payload/linker 역할, SMILES, smilesSource, InChIKey, approved/clinical/SAR 태그, 패밀리 규모, 파생 자식 수, 관계 수, 노트
• Derivative: drug/derivative/adc 역할, SMILES, smilesSource, approved/clinical 태그, center 대비 Morgan 유사도, 패밀리 규모, 관계 수

정규화

• 가산 규칙 점수 후 100 상한
• 같은 탭 풀 상대 백분위: 상위 12% High (X-S), 12–62% Medium (X-A/X-B), 나머지 Low (X-C). 풀 5건 미만은 Medium

한계

• 점수는 카탈로그 완결도와 태그 커버리지에 좌우됩니다.
• 유사도 항은 구조 지문이며 효력을 예측하지 않습니다.
• 승인·임상 태그는 규제 API가 아니라 카탈로그 태그입니다.
• 계산된 근접(유사도·클러스터·탐색 점수)을 문헌 사실처럼 표시하지 않습니다.